HOLA ALUMNOS, FAVOR DE ENTREGAR SUS TRABAJOS Y TAREAS DEL 2DO. DEP PARA PODERLOS CALIFICAR Y EVALUAR DE FORMA OPORTUNA.
jueves, 19 de noviembre de 2020
martes, 17 de noviembre de 2020
CLASE # 11 Estándar HL7 FHIR
El estándar CCOW
CCOW (Clinical Context Object Workgroup) es un estándar de interoperabilidad que pretende facilitar la integración de aplicaciones a nivel de uso mediante una técnica denominada Context Management.
Esta técnica permite sincronizar y unificar a nivel de interfaz de usuario la información de distintos sistemas que contienen información referida al mismo paciente, procedimiento o usuario.
Recursos en la web de Health Level Seven International:
Pues, como siempre los grupos de trabajo en el objeto del contexto clínico, están intentando facilitar el desarrollo de estándares médicos y crearon el estándar:
Fast Healthcare Interoperability Resources
Recursos de interoperabilidad Sanitaria Rápida
Y incluyeron este estándar de Interoperabilidad para mejorar la estructura y arquitectura de las historias Clínicas electrónicas.
Les anexo parte de la información que me pareció importante que aparece en internet acerca de esto, porque nuevamente nosotros los Ingenieros Biomédicos que estamos estudiando Informática Médica deseamos seguir implementando herramientas de utilidad médica para facilitar el trabajo dentro del hospital :D
Sobre todo nos interesa mucho el aspecto Clínico y de diagnóstico (nivel 4) y de razonamiento médico (nivel 5).
Ahorita yo estoy poniendo éste estándar debido a que me interesa que ustedes trabajen un poco integrando sus conocimientos porque quiero que hablemos de un éstandar de interpretación de gráficos de otras señales de Biopotenciales de interés médico diagnóstico, me gustaría pensaran un poco en ¿Cuál sería el estándar para aEEG, aEOG, aEMG, aENG, aEGG por ejemplo, en ¿Cómo podría crearse una herramienta que permitiera en una Base de Datos Multimedia incluir los registros de Electroencefalografía, Electro Oculografía, Electro Miografía, Electro Nistagmo Grafía, Electro Gastro Grafía y poder incluir en ella no sólo los registros gráficos, sino también las facilidades para la interpretación médica diagnostica de los especialistas que atienden a esos pacientes.
Por ejemplo crear bases para un estándar aEEG (annotated Electro Encephalograpy) que permitiera mostrar los registros gráficos y además en un futuro poder combinar estos registros gráficos con la interpretación médica experta e imagenes médicas de RMN, TAC, PET, fRMN o cualquier otro tipo de modalidad y de nuevo estamos hablando de BD Multimedia de Oracle.
De nuevo estaríamos trabajando con los RIM (Reference Imaging Models) los recuerdan?
Figura 1: Bases para la interpretación automatizada de Electroencefalogramas aEEG
annotated Electroencephalogram
Figura 2: Registro EEG automatizado, no sé si recuerden las famosas gorritas de EEG que hicimos juntos cuando dí la materia de Bioinstrumentación II :D
Figura 3: HIStalk Healthcare IT Imágenees médicas e información de la historia clínica en la Nube Hibrida de Internet y las Bases de Datos RDBMS de Oracle
RDBMS : Significa "Sistema de gestión de bases de datos relacionales". Un RDBMS es un DBMS diseñado específicamente para bases de datos relacionales. Por lo tanto, los RDBMS son un subconjunto de DBMS.
De nuevo les incluyo algunos fragmentos importantes del estandar HL7 FHIR que tomé de internet y les anexo los links
"El estándar HL7 FHIR®"
HL7 FHIR® es un estándar de interoperabilidad que combina lo mejor de HL7 V2, HL7 V3 y CDA y se enfoca en facilitar su implementación. Además, usa los estándares web más frecuentes, como XML, JSON y HTTP.
FHIR® es la abreviatura de Fast Healthcare Interoperability Resources (Recursos de Interoperabilidad Sanitaria Rápida). Los resources o recursos son las piezas clave de FHIR.
Los «Resources» son los bloques de construcción de todos los intercambios de información en FHIR. Cada resource o recurso representa un concepto de la realidad de la atención sanitaria, como pacientes, citas, organizaciones o resultados de pruebas.
Los recursos pueden representarse tanto en XML como en JSON y todos tienen ciertas características en común:
- Una URL que identifica al resource.
- Unos metadatos comunes.
- Un resumen legible para humanos.
- Un marco de extensibilidad (extensibility framework) que permite asumir las diferencias en la atención sanitaria.
Vemos una representación de un resource de paciente donde se han resaltado las partes características:
jueves, 12 de noviembre de 2020
CLASE # 10 CVIS (CARDIOVASCULAR INFORMATION SYSTEM)
CLASE # 10
CVIS (CARDIOVASCULAR INFORMATION SYSTEM
Hola alumnos, el día de hoy vamos a ver la digitalización de los servicios y operación de un departamento muy importante del hospital, este es el departamento de Cardiología o CardioVascular, aquí existe un estándar muy importante que es el HL7 aECG (HL7 annotated ECG) lo que quiere decir que dada la gran importancia que tiene el corazón y su salud para la supervivencia del ser humano en esta parte se debe crear una base de datos multimedia que almacene el ECG legal aprovechando un escaneo de una imagen de este en formato DICOM y debe ser siempre acompañado por la interpretación (annotation) experta de los médicos cardiólogos, esto con el propósito de que en un futuro esta base de datos pueda servir para emitir diagnósticos más certeros y rápidos de las enfermedades cardiacas que afectan a los pacientes, esto se logrará con una mezcla de 'data mining' más un comparativo de huellas de formas de onda semejante al utilizado para comparar las huellas de restos de fármacos a través de estudios de cromatografía.
Pero, ¿porqué es tan importante este departamdento?, esto es debido a que las enfermedades cardiacas son una de las principales causas de muerte de la población de todas las edades, existen muchos bebés que nacen con malformaciones cardiacas (congénitas) que les impiden muchas veces sobrevivir si no son debidamente atendidos, existen otros niños que fallecen de enfermedades del corazón a edad muy temprana, y también existen muchos jóvenes que ignoran que padecen enfermedades cardiacas y fallecen debido a este tipo de problemas, además existen los adultos que padecen del corazón y también en edad avanzada muchos abuelos tienen problemas cardiacos. Muchos fallecen de muerte súbita, estando aparentemente bien y por eso es muy importante el actuar oportuno de los médicos para atenderlos de forma debida. En muchos casos en el área de urgencias existe un código y procedimiento específico para atender a este tipo de enfermos cardiacos.
Además muchos de los pacientes fallecen durante los traslados de emergencia hacia los hospitales debido a problemas cardiacos, por lo que el tema de hoy es muy importante pues permite lograr atender mejor a los pacientes gracias a que con la implementación del CVIS (Sistema de Información Cardiovascular) dentro del departamento de Cardiología se podrá realizar atención médica de la especialidad a distancia a esto se le conoce como Telecardiología y además gracias a aparatos como el Monitor de Holter se podrá también llevar control a distancia de los problemas cardiacos de los pacientes. Esto abrirá una gran cantidad de posibilidades para que los pacientes de cardiología reciban una mejor atención médica, de forma más oportuna y eficiente.
Pero veamos la labor del médico cardiólogo a la hora de interpretar un ECG de un paciente, con esto nosotros los Ingenieros Biomédicos nos damos cuenta de la respetable y gran labor de los médicos especialistas en Cardiología que no cabe duda que son puro corazón porque conocen muy bien este órgano en todas las situaciones y enfermedades cardiacas que afectan a los pacientes.
Video 1: Ejemplo de interpretación diagnóstica de Electrocardiogramas (ECG)
Video 2: Ejemplo de interpretación diagnóstica de Electrocardiogramas (ECG) ahora cargados dentro de una Base de Datos (BD).
Bueno ahora que vemos lo importante del trabajo del médico cardiólogo hay que ver algo más acerca del estándar HL7 aECG, les voya a pasar unas diapositivas de unos power points viejitos del 2014 que tengo, mis power points viejitos también son muy útiles porque nos pueden mostrar algo más de las bases informáticas que sirvieron para establecer los lineamientos que ahora están vigentes :D
Figura 1: Diagrama de Flujo con los pasos necesarios para interpretación diagnóstica de ECGs.
Figura 2: Estándar HL7 aECG y FDA para la creación de las bases de Datos con contenidos e interpretación de expertos para los estudios de ECGs de nuevo lo más recomendable es utilizar una BD Oracle Multimedia
Figura 3: Esquema de un software para almacenamiento de BD que contengan ECGs
Figura 4: El registro ECG es tradicionalmente analógico pues esta tecnología surgió en el siglo XX, pero gracias a la digitalización, estandarización y normatividad ahora se pueden crear registros de ECG digitales acompañados de su interpretación diagnóstica y canalizar estos al EPR (Electronic Patient Record) de cada paciente y también pueden combinarse con otros estudios de imágen médica como en el caso que se presenta en que están combinados con una angiografía cardiaca.
Figura 5: Aquí de nuevo tenemos una angiografía coronaria combinada con un registro ECG del paciente y ahora en la actualidad gracias a los avances de la Ecocardiografía también pueden obtenerse excelentes resultados si se combina el ECG con los estudios de Ecocardiografía pues se puede observar gracias a la reconstrucción 3D de imágenes muy bien el estado y funcionamiento de las válvulas cardiacas y el flujo de sangre dentro del corazón.
Figura 6: Portada de la versión 3 del estándar HL7 aECG, esta versión fue liberada en Enero de 2005
Figura 7: Telecardiología, zona de interpretación diagnóstica experta, se observa una pantalla apple de alta resolución y al experto cardiólogo haciendo la interpretación, los audífonos le pueden servir también para escuchar ruidos cardiacos y si se pone una diadema con bocina también puede enviar su interpretación médica experta por correo de voz.
Aquí los ingenieros Biomédicos deben entender que muchas veces en la escuela ellos manipulan digitalmente las señales de ECG de acuerdo con las instrucciones de los profesores, pero en el caso de que diseñen una zona de Telecardiología deben proporcionar estos medios a los médicos cardiólogos que son los expertos porque humildemente debemos comprender que nuestros conocimientos médicos como simples ingenieros que somos no se comparan con los de un especialista en cardiología con muchos años de estudio y experiencia en patologías del corazón. Ellos son los expertos y no nosotros.
Figura 8: Ejemplo de un ejercicio para pasar el registro ECG vía inalambrica a un Smartphone.
Video 3: Beneficios de la Telecardiología para los pacientes (ejemplo).
Video 4: Otro ejemplo de la utilidad de la Telecardiología ahora utilizando un Scanner de un Celular
Por favor, no olviden recordar que es muy importante el estandarizar y respetar la normatividad vigente para crear estos sistemas de información médica tan importantes para garantizar la salud de los pacientes.
Favor de contestar el siguiente cuestionario:
1. Hacer un esquema mental en el que se expliquen algunas aplicaciones importantes para un CVIS (Cardiovascular Information System).
2. Favor de explicar lo que entiende de la siguiente imagen incluyendo todos los bloques:
3. Imaginen que un médico tiene un paciente enfermo del corazón al que le hace un Diagnóstico a través del ECG y otros estudios necesarios previos a una cirugía, durante la cirugía da seguimiento al paciente a través del monitor de signos vitales y después de la cirugía realiza varios ECG de seguimiento de la salud del paciente uno inmediatamente después, otro a los 3 meses, otro a los 6 meses y otro a los 12 meses.
Favor de explicar el contenido del registro en el ECG de dicho paciente durante aproximadamente un año de seguimientos postquirúrgicos, y 6 meses de seguimiento de Diagnóstico y prequirúrgico.
Obvio es que la información debe estar completa y disponible para que el cardiólogo pueda estudiar y dar seguimiento a la salud de su paciente.
Y nuevamente aquí es muy importante el crear dentro de la BD un campo llave con el mnemónico apropiado.
4. ¿Explicar que es un monitor de Holter y cuál es su utilidad médica y para los pacientes? indicando además porqué es importante que este tipo de estudios sean incluídos dentro del estándar HL7 aECG
5. Explicar al menos 2 técnicas distintas de imágen médica de estudios cardiacos que se puedan almacenar en video y sean sincronizadas con ECGs para dar más utilidad médica y apoyo al médico cardiólogo para un mejor diagnóstico.
martes, 10 de noviembre de 2020
CLASE # 9 PIS PHARMACEUTICAL INFORMATION SYSTEMS (primera parte)
CLASE # 9
PIS PHARMACEUTICAL INFORMATION SYSTEMS
(primera parte)
Hola Alumnos, ahora vamos a ver la digitalización de la información de otro departamento que es muy importante como es el de Farmacia, los medicamentos tienen mucha importancia para el tratamiento de los pacientes, y normalmente son prescritos por los médicos para tratar las enfermedades que aquejan al paciente, para ello el médico tratante elabora las recetas médicas que deberán surtidas en la farmacia y para dar seguimiento al estado de salud del paciente siempre ingresa una copia de dichas recetas médicas dentro del expediente o historia clínica del paciente.
El servicio de farmacia de un hospital en general debe servir a dos tipos de pacientes:
a) Los pacientes ambulatorios:son aquellos pacientes que acuden sólo por consulta y que no requieren ser hospitalizados, estos pacientes son más autosuficientes y son capaces de seguir el tratamiento médico prescrito en su propia casa.
b) pacientes hospitalizados; son aquellos que requieren pasar algunos días dentro del hospital para recibir tratamientos, estos pacientes son dependientes y por esta razón al estar dentro del hospital deben recibir el tratamiento prescrito por el médico con la ayuda de enfermeras durante toda su estancia dentro del hospital.
Pero en los grandes hospitales esto se convierte en un gran problema debido a la gran cantidad de pacientes que hay que atender.
Aquí les voy a platicar una anécdota familiar, "Resulta que una vez por causa de enfermedad mi abuelito y una tia mía estuvieron de forma simultánea en el hospital y para que se sintieran más cómodos y acompañados a los médicos se les ocurrió la genial idea de ponerlos en el mismo pabellón juntos, una cama al lado de la otra, obvio es que tenían algún apellido en común pues eran Padre e Hija, y esto que les cuento ocurrió hace algunos añitos. Pues bien, como las enfermeras tenían tantas camas de pacientes que atender, se equivocaron y le pusieron a mi abuelo el fármaco que era destinado a mi tia y a mi tia el fármaco que era destinado a mi abuelito ".
" Y por lo mismo a mi abuelito que padecía del corazón le pusieron un tratamiento hormonal que era para mi tia, y a mi tia le pusieron un medicamento para el corazón en vez del tratamiento hormonal."
"Luego las pobrecitas enfermeras estaban todas asustadas por la confusión que sufrieron y trataron de explicar lo sucedido al doctor y a mis familiares, y mis familiares que tenían excelente sentido del humor estaban muertos de la risa y bromeando de que ahora el abuelo se iba a volver .#####- por haber recibido hormonas femeninas y la tia se iba a volver puro corazón por haber recibido el medicamento del abuelo" y el problema no paso a mayores consecuencias porque todo el mundo lo tomo a broma.
"Como quiera los dos tanto mi abuelo como mi tía estaban muy felices porque el doctor los puso juntos estando enfermos y se sentían muy bien y acompañados."
Y eso es muy bueno porque al hacer esto el doctor se vió muy humano pues estaba poniendo juntos a padre e hija enfermos y así no se sentían tan solitos hubiera o no familiares cerca, ese tipo de doctores y enfermeras son los que les gustan más a los pacientes. :D
Bueno pero ahora volviendo un poco a la seriedad, quiero que se imaginen la gran confusión que ocurre en un hospital de más de 400 camas por ejemplo a la hora de dar las medicinas a los pacientes hospitalizados. Porque obvio es que los que no requieren hospitalización son más autosuficientes y capaces de tomar sus medicamentos a su hora dentro de su propia casa.
De nuevo las CCOW de health Level Seven se volvieron 'loquitas' cuando les pidieron que hicieran este proceso de forma eléctrónica y se estandarizada dentro de la historia clínica electrónica y por ello tuvieron que crear estándares como el HL7 SPL y Rx Norm.
Pero qué significa HL7 SPL (Health Level Seven Structured Product Labelling) este es un estándar para la etiquetación de fármacos y obvio está basado en las Fórmulas de los medicamentos de Farmacia y sólo pueden obtener este etiquetado los fármacos que son producidos de forma Legal esto es los de Patente y los Genéricos y Rx Norm (Recipes Norm) es un estándar para poder elaborar recetas médicas electrónicas.
Ahora quiero que se imaginen la importante labor del Ing. Farmacéutico dentro de un hospital, por lo que les ruego pongan atención a los siguientes videos:
Video 1: Presentación del III Encuentro Global de Farmacia en España
Video 2: Importancia de la dispensación correcta de la Receta Médica
Video 3: Sistemas de Información de Farmacia
Video 4: La labor del Ingeniero Farmacéutico en un hospital
Favor de contestar el siguiente cuestionario:
1. ¿Porqué es importante incluir las recetas médicas dentro de la historia Clínica de cada paciente?
2.¿ Porqué razón importante los médicos prescriben medicamentos a los pacientes?
3. ¿Cuál es el efecto adverso que podría tenerse si se consumen fármacos de forma arbitraria y sin ser prescritos por los doctores?
4. ¿Cuál es la importancia del Regenstrief Institute en la farmacia presente y futura?
5. ¿Porqué es importante el apoyo de sistemas de Farmacia en el registro eléctrónico de las recetas Médicas?
jueves, 5 de noviembre de 2020
CLASE # 8 RIS-PACS (continuación)
CLASE # 8 RIS-PACS
(continuación)
El esquema mental que les pedí en la clase anterior es muy importante, en él ustedes han podido observar que existen una gran variedad de imágenes médicas distintas que varían según la técnica, el equipo médico utilizado y la especialidad, pues bien el PACS además de recibir éstas imágenes médicas debidamente identificadas con los datos del paciente que las generó y relacionadas con su historia clínica debe enviar dichas imágenes a los distintos centros de diagnóstico ya sea dentro del mismo hospital u otros distintos para que se encarguen de interpretarlas y se debe incluir esta interpretación médica especializada dentro de la información de ésta imagen médica para que los doctores que las solicitaron puedan saber el estado de salud de su paciente. A esto se le llama TELEDIAGNÓSTICO o Diagnóstico Médico a distancia.
Pero con tanta variedad de Técnicas, equipos y especialidades médicas existe por la misma razón una forma y destino muy distinto para cada una, ¿cómo puede el servidor del PACS evitar una confusión?
Como mencioné en clases anteriores en este caso y dado que se manejan imágenes médicas se requiere una Base de Datos Multimedia (porque ahora no sólo se almacenan imágenes fíjas, también muchos segmentos de video y fluororadiografías.
Pero también deben recordar un punto muy importante que se maneja con las Bases de Datos y es el campo llave que es el que debe contener el ID de cada placa, ahora en base al Esquema Mental que realizaron la clase pasada se debe pensar en un campo llave muy especial que tenga un significado implícito muy claro, de forma que sea un pnemónico, ¿Saben lo que es un mnemónico? es algo que si ustedes lo aprenden también les puede facilitar el aprendizaje porque les permite recordar mejor algunas cosas.
"Mnemónico también puede referirse a la mnemotecnia, que es el proceso de asociación mental que ayuda a recordar algo. En este caso la idea hace mención a un recurso de memorización."
Aquí les pongo un ejemplo divertido:
“Mi Vecino Tomás Martínez Jamás Sembró Un Nogal Pecanero” (Mercurio – Venus – Tierra – Marte – Júpiter – Saturno – Urano – Neptuno – Plutón).
En el terreno de la informática, se nombra como mnemónico a la palabra que reemplaza un código de operación para que la programación resulte más sencilla. De esta forma, se apela al lenguaje humano en sustitución del lenguaje de máquina.
Ahora con su esquema mental les pediría que hicieran esa campo llave de 8 o 16 espacios y utilizaran los primeros tres espacios para indicar de que equipo médico y especialidad de imagen se trata, así al servidor de PACS le resultará más sencillo saber a que centro de diagnóstico tendrá que enviar cada placa obtenida de que equipo.
A continuación les paso algunas imágenes del contenido de un material power point que yo realicé hace algunos años para dar mis clases del cuál les puse la portada al inicio de esta clase, cabe aclarar que yo actualizo periódicamente este material porque las nuevas tecnologías en el campo de la informática tienen grandes avances y me gusta estar siempre actualizada en este campo pero toda la información que he recopilado a lo largo del tiempo es fuente de información útil para impartir las clases a ustedes de la mejor forma.
Les aclaro también que a mi me encanta ver los avances y las innovaciones en la tecnología de imagen médica porque se convierten con el paso del tiempo cada vez más en herramientas de diagnóstico más útiles para los doctores y esto ayuda a mejorar la calidad de atención a los pacientes enfermos que tanto lo necesitan.
Figura 1: Base de datos DICOM ORACLE MULTIMEDIA
Figura 2: Desde la Modalidad hasta el PACS y al Servidor de impresión.
Figura 3: Las nuevas áreas de interpretación diagnóstica aproximadamente en año 2002.
Figura 4: Estructura de los metadatos DICOM
Figura 5 Centro de Teleradiología de aproximadamente año 2016
Figura 6. Novedad en imágenes diagnósticas imágenes médicas de ecocardiografía, equipo marca Phillips.
Figura 7: Ecocardiograma Transtorácico Doppler a color Reconstrucción 3D
Figura 8. Ultrasonido doppler Fetal 2D
Figura 9. Ultrasonido fetal diferencias entre ecografía 2D, 3D, 4D y 5D
Figura 10: Reconstrucción 3D de TAC cerebral
Figura 11:
Reconstrucción en 3D del escáner de tomografía computarizada y angiografía del cráneo y su vascularización del sistema que muestra un aneurisma cerebral (cuadrado).
- ID de la imagen: E5PTKCAhora quiero que se imaginen un poco la cantidad de imágenes médicas que se generan diariamente en los centros de imagenología de un hospital público para que tengan una idea de la gran capacidad que debe tener el servidor de PACS de un hospital. También es necesario considerar el espacio en memoria de cada tipo distinto de imagen médica generado.
Cada cierto tiempo las imágenes médicas deben ser descargadas del servidor y guardadas den discos CD y deben ser almacenadas y recuperadas para cuando el médico las vuelva a solicitar para dar seguimiento al tratamiento de un paciente determinado. Por ello es muy importante también el DICOM STORE que se menciona en la figura 2.
Ahora vamos a la tarea de esta clase:D
Tarea Clase # 8
1. A continuación aparecen algunas unidades de medida utilizadas en informática para designar espacios de memoria
Favor de crear una celda de 8 espacios para hacer un mnemónico en el que los primeros 3 espacios se puedan colocar palabras de sólo 3 letras que designen c/u de las distintas imágenes médicas de su esquema mental, que serviría de campo llave de la base de datos.
Por ejemplo: RMN seria el código mnemónico para designar Resonancia Magnética Nuclear, PET sería el código mnemónico para designar Positron Emission Tomography, etc.
2. Favor de explicar en un RIS que es lo que se denomina 'Modalidad'
3. Favor de explicar lo que entiende de la figura 1, qué es lo que está entre la base de datos multimedia y los clientes y que se denomina JDBC .
4. Favor de explicar la estructura de los Metadatos DICOM que aparece en la figura 4.
5. Favor de explicar la importancia de la NLM (National Library of Medicine) para conservar, preservar y almacenar las imágenes médicas diagnósticas acompañadas de su interpretación dentro de sus instalaciones
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